Sus pocos registros aparecen documentados en la orden dada por Carlos V a Cortés para que enviara los navíos que había construido en el litoral del Pacífico a través del Mar del Sur rumbo a la Especiería para averiguar lo sucedido con la nao Trinidad, bajo el mando de Gómez de Espinosa, de la expedición de Magallanes y Elcano, además de verificar la existencia de alguna otra isla y si tenía especias u otras riquezas.
Saavedra Cerón inició su expedición el 31 de octubre de 1527 desde Zihuatanejo, Zacatula (en el actual estado mexicano de Guerrero), con ciento diez hombres en tres naves: Florida, Santiago y Espíritu Santo.
Al cabo de cuatro meses de navegación y la pérdida de dos naos (Espíritu Santo y Santiago), los expedicionarios embarcados en la nao Florida arribaron a la isla de Mindanao en el archipiélago filipino, desde donde pusieron rumbo a las Molucas.
También en Tidore, cuando llegaron, descubrieron otros españoles hostigados por los portugueses.
Cuando intentaron regresar a Nueva España con un cargamento de especias, especialmente clavo, la meteorología del océano Pacífico, con los vientos y corrientes adversos, les obligó a volver a puerto seguro; aunque antes recalaron en las islas de Misory y Almirantazgo, pasaron por las islas Carolinas y las Marianas y descubrieron la gran isla de Nueva Guinea.
En mayo de 1529 quiso intentar de nuevo el viaje de vuelta, fracasando a la altura de las islas Hawái (islas Mesa para los españoles), falleciendo en ese lugar en mitad del océano.